Нетные книги - книги для записи имущества, которого нет: имеющегося в хозяйстве согласно описи, но не обнаруженного при проверке. Иначе говоря, нетные книги - книги недостач.
Источник: Сидоренская Н.Д. Нетные книги Псково-Печерского монастыря 1682 г. Псков, 2010..
Рекомендую данную монографию ценителям монастырского учета: вельми любопытно и познавательно.